El tren, que transportaba a muchos estudiantes, se dirigía a Múnich cuando tres vagones salieron de las vías cerca de Garmisch-Partenkirchen.
No está claro qué causó el accidente, dijo un portavoz de la policía.
Las imágenes publicadas por los medios locales muestran varios vagones de tren arrugados tendidos a sus lados.
Un funcionario de la autoridad local de Garmisch-Partenkirchen había sugerido inicialmente que unas 60 personas habían resultado heridas, pero Stefan Sonntag, portavoz de la policía federal alemana, dijo que esa cifra se refería al número de pasajeros en el tren.
En un desarrollo separado, un vagón en un tren de alta velocidad italiano que viajaba de Turín a Roma descarriló mientras se acercaba a la capital.
Los oficiales de emergencia locales dicen que nadie resultó herido en el incidente, que vio el vagón trasero del tren salirse de las vías cuando se acercaba al túnel Serenísima en Roma.
En Alemania, el señor Sonntag dijo a los periodistas que 15 de los heridos se encontraban en estado grave en un hospital local.
Los funcionarios dijeron que las personas habían sido “sacadas por las ventanas” para rescatarlos del accidente.
Antes, la policía dijo que no se podía descartar que varios estudiantes que celebraban el comienzo de las vacaciones de verano estuvieran entre los heridos, pero el señor Sonntag dijo que era demasiado pronto para hacer comentarios sobre tales informes.
Un soldado estadounidense con base en una base aérea cercana pasaba por delante cuando el tren descarriló. Dijo a los medios locales que el accidente había sido “simplemente horrible – de repente el tren volcó”.
Seis helicópteros, entre ellos tres de la región austríaca del Tirol, fueron enviados al lugar para ayudar en los esfuerzos de rescate.
El accidente ocurrió alrededor de las 13:15 hora local (11:15 GMT) el viernes, poco después de que el tren partiera de Garmisch-Partenkirchen hacia Múnich.
Llega cuando Alemania lanzó un nuevo billete de tren con descuento y el señor Sonntag dijo que el tren regional estaba “muy lleno y muchas personas lo estaban usando, de ahí el alto número de heridos”.
Parte de la ruta entre Múnich y Garmisch-Partenkirchen ha sido bloqueada y el tráfico ha sido desviado, según el operador ferroviario alemán Deutsche Bahn.
El accidente ferroviario más mortífero de Alemania en los tiempos modernos ocurrió en 1998 cuando un tren de alta velocidad descarriló en Enschede en Baja Sajonia, matando a 101 personas.
El accidente mortal más reciente del país tuvo lugar en febrero, cuando una persona murió y otras 14 resultaron heridas en una colisión entre dos trenes cerca de Múnich.
